公平竞争审查处主要职责包括：统筹协调推进公平竞争审查工作；组织开展全国性督促检查，推进制度全面实施；研究完善公平竞争审查相关制度；对委内司局开展公平竞争审查提供咨询意见；承担公平竞争审查部际联席会议办公室相关工作，负责组织召开部际联席会议全体会议、联络员会议，研究提出会议议题和需要会议协调解决的重大问题；指导全国对滥用行政性权力实施价格垄断行为的调查处理工作，依法查处、认定和处理滥用行政性权力实施价格垄断案件；承办滥用行政性权力实施价格垄断行为的举报；领导交办的事项。
为进一步推动落实公平竞争审查制度，按照公平竞争审查部际联席会议第一次全体会议部署，2017年9月以来，发改委会同财政部、商务部、工商总局，以公平竞争审查部际联席会议名义，赴除吉林、广西（此前中改办已督查）之外的其他29个省（区、市）开展专项督查，了解各地制度落实情况，督促和指导各级政府部门做好公平竞争审查工作。发改委将会同有关部门认真梳理督查发现的主要问题，有针对性地完善制度顶层设计，狠抓制度落实，推动公平竞争审查制度全面落地，为营造公平竞争的市场环境，加快形成统一开放、竞争有序的现代化市场体系发挥更大作用。