《方案》明确，此次矿业权清理的工作目标为：以国家级自然保护区为重点，对行政区域内各类保护区禁止矿产资源勘查开采范围的矿业权(不含放射性矿种)进行全面调查摸底、分类梳理、系统分析，为保护区内矿业权分类处置工作奠定基础。清理以实事求是、协调配合、分类梳理分析为基本原则。
《方案》指出，此次矿业权清理有三项主要任务：一是对本行政区域各类保护区内矿业权进行调查摸底和分类梳理;二是对国家级自然保护区内矿业权进行核查，提出分类处置意见;三是形成清理工作总结分析报告。中石油、中石化、中海油、延长石油自行对本公司各类保护区内油气矿业权进行调查摸底和分类梳理。
《方案》要求，今年8月底完成国家级自然保护区内矿业权的核查报告;12月底，完成各类保护区禁止矿产资源勘查开采范围的矿业权调查摸底和分类梳理，并形成清理工作总结。